Смирныховский район Сахалинской области существует с 1965 года. На территории Смирныховского района в начале 2000-х годов образовано муниципальное образование Смирныховский муниципальный район. В 2005 году муниципальный район преобразован в городской округ (но как административно-территориальная единица район сохранился). Некоторое время городской округ носил название "Смирныховский район", с 2012 года - городской округ "Смирныховский".

Администрацией МО ГО "Смирныховский" с 20 февраля по 20 марта 2023 г. объявлен открытый конкурс на разработку проекта флага муниципального образования городской округ "Смирныховский". В конкурсе могут принимать участие отдельные авторы и авторские группы.

Флаг муниципального образования городской округ "Смирныховский" утвержден решением Собрания ГО «Смирныховский» № 11 от 26.10.2023 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 14862. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех равновеликих полос синего, зеленого и синего цвета, в центре которого - стоящий к древку и обернувшийся от древка олень желтого цвета с поднятой левой передней ногой".

Материалы геральдического архива В. Маркова