Флаг Среднечубуркского СП утвержден Решением Совета СП № 107 от 14 марта 2008 года. Полотнище флага тогда было красным.

Материалы архива В. Маркова

Флаг сельского поселения Среднечубуркское утверждён Решением Совета Среднечубуркского сельского поселения от 9 июля 2008 года № 114 и внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 4166.

"Полотнище синего (голубого) цвета с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края расширяющуюся от древка орнаментальную полосу, образованную жёлтыми силуэтами двенадцати стилизованных колосьев, увеличивающихся вместе с шириной полосы (возрастающей от 1/4 до 1/2 ширины полотнища); над полосой посередине расположено белое изображение большой пятилучевой звезды в окружении десяти маленьких".

Обоснование символики
Флаг языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности сельского поселения.
Синий цвет (лазурь) символизирует безупречность, добродетель, волю, чистое небо и аллегорически указывает на реку Средние Чубурки давшую наименование поселению.
Изображение возрастающих в оконечности двенадцати пшеничных колосьев символизирует плодородие, достаток и аллегорически указывает на двенадцать поселений района[2], основой развития которых является выращивание зерновых.
Жёлтый цвет (золото) — символ величия, богатства, процветания и прочности, достатка.
Изображение белой пятиконечной звезды символизирует гармонию, защиту, безопасность.
Окружение большой звезды таковыми же малыми — аллегорически указывает на то, что поселение состоит из одиннадцати населённых пунктов. Белый цвет (серебро) — символ совершенства, мудрости, благородства, мира

Материалы предоставлены "Вексиллографии" А.Данильченко (г.Майкоп)