Флаг Таганрога был разработан еще в 1991 году, а в 1995 году утверждён городской думой.

Флаг г.Таганрога был утвержден 24 февраля 1995 года, когда городская Дума г.Таганрога своим решением №113 утвердила "Положение о флаге г.Таганрога". Автором флага города является Николай Николаевич Кузьменко, научный сотрудник Таганрогского государственного литературного историко-архитектурного музея-заповедника им.А.П.Чехова, член Всероссийского Геральдического общества.

Официальное описание флага:

Флаг города Таганрога представляет собой прямоугольное полотнище (соотношение высоты и длины - 1:2) из пяти разноцветных горизонтальных полос - трех белых (по краям и в центре полотнища) и двух голубых, в центре изображается два якоря золотого (золотистого) цвета накрест и на них - кадуцей золотого (золотистого) цвета.

По сообщениям заместителя главы администрации г.Таганрога М.А.Ионова. Письмо №304 от 15 февраля 2000 года, архив М.В.Ревнивцева.

Решением Городской Думы города Таганрога №365 от 28 мая 1998 года утверждалось ПОложение "О символике и атрибутике города Таганрога". Решением Городской Думы города Таганрога №328 от 25 июля 2002 года утвержалось Положение "О флаге города Таганрога". Описание флага в Положении 2002 года:

"Флаг города Таганрога представляет собой полотнище с соотношением сторон 1:2, разделённое по горизонтали на пять равновеликих полос — попеременно три белых и две голубых; в центре, поверх полос, располагается жёлтая композиция в виде кадуцея, наложенного на два соединённых накрест якоря".

Оба эти документа (и 1998 и 2002 годов) утратили силу в 2007 году.

Решением Городской Думы города Таганрога №537 от 25 октября 2007 года утверждены новые редакции Положений о гербе и флаге города Таганрога. В положении говорится:

"Статья 3. Флаг города Таганрога представляет собой полотнище с соотношением сторон 1:2, разделенное по горизонтали на пять равновеликих полос - попеременно три белых и две голубых; в центре, поверх полос, располагается жёлтая композиция в виде кадуцея, наложенного на два соединенных накрест якоря.
Рисунок флага города Таганрога в многоцветном варианте помещен в приложении к настоящему Положению".

По сообщению М.Коротеева

Решением Городской Думы города Таганрога от 3 декабря 2009 года №106 (принято Городской Думой 26.11.2009) в Решение об официальных символах города (25.10.2007) внесены некоторые технические правки (уточнены наименования должностей и т.п.). Собственно символы остались без изменений.

Флаг Таганрога внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №1055.

Ныне флаги Таганрога иногда выпускаются с соотношением сторон 2:3.

Рисунок прислан "Вексиллографии" А.Куприным ("БИАР", Москва)

Решением Городской Думы города Таганрога № 557 от 3 июня 2013 года и Решением Городской Думы города Таганрога № 657 от 28 апреля 2014 года в решение о символах города (25.10.2007 г.) внесены изменения касательно правил использования герба на печатях и бланках. Флаг не изменился.

По сообщению В. Маркова