Флаг Татышлинского района утвержден решением Совета муниципального района Татышлинский район Республики Башкортостан от 11 июля 2006 года № 137. Первоначально дизайн флага был чуть другим (темно-красная и жёлтая горизонтальные полосу, на отходящем от древка белом треугольнике изображение белки), но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета рисунок флага изменён. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под № 3230, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №055. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих горизонтальных полос: верхней красного цвета и нижней желтого цвета; на красной полосе: у древка сидящая к древку обернувшаяся белка желтого цвета с кончиком хвоста белого цвета, у свободного края - опрокинутая тамга башкирского рода Гарей желтого цвета; на желтой полосе: у древка тамга башкирского рода Гарей красного цвета, у свободного края - сидящая к свободному краю такая же обернувшаяся белка красного цвета".

Символика флага повторяет символику герба. Поэтому уместно привести здесь обоснование символики герба Татышлинского района:

Территория района расположена на бывших башкирских вотчинных землях, главным образом Ирактинский, Урман-Гарейской и Кыр-Таныпской волостей. Наши предки имеют непосредственное отношение к присоединению башкирского народа к России. Исан-хан в числе первых совершил визит к царю с подобной просьбой. Его потомок Гали Сокорый является башкирским просветителем, ученым, поэтом.
Великолепна и щедра природа края: уходящие вдаль леса, пышные поля, многоцветные луга, долины красивых рек. Здесь обитают лоси, волки, кабаны, лисы и, конечно, белки. История края и богатство природы отражены в гербе разделением его поля на два ярких цвета: красный и золотой. Основной фигурой герба является белка - зверек, особо широко распространенный в лесах. Вплоть до 20 века шкурка белки являлась эквивалентом деньгам. У кого было много беличьих шкурок, тот человек считался богатым. Ведь не зря и копейка, и белка у башкир и татар называется одинаково "тин, тиен". Кроме того, миролюбивый и открытый зверек символизирует, что в районе проживает многонациональный, трудолюбивый народ в мире и согласии.
Символизируя связь истории с современностью, в полях герба помещены стилизованные тамги родов Гарей, Иракты и Танып в красном и золотом цветах.
Красный цвет - символизирует любовь к своей земле, смелость и великодушие, а также кровь, пролитую за свободу Отечества.
Золото олицетворяет богатство района и то, что он занимает в республике достойное место.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан