Флаг района утверждён Решением Совета муниципального образования Темрюкский район Краснодарского края от 30.01.2006 № 303 "О флаге муниципального образования Темрюкский район".

"Флаг Темрюкского района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2 к 3, разделённое на три полосы — две голубых и между ними малиновую, двумя горизонтальными белыми чертами, изогнутыми в виде чешуи, развернутой к малиновой полосе; посередине полотнища расположены жёлтые, с оранжевыми тенями, фигуры: морской якорь и на нём гроздь винограда".
Обоснование символики
Флаг языком символов и аллегорий указывает на экономические, исторические и природные особенности Темрюкского района.
Темрюкский район занимает большую часть Таманского полуострова. Когда-то здесь, по представлениям древних греков, Европа граничила с Азией, разделяясь Керченским проливом. Сюда море и степь посылало носителей разных культур, вместе с которыми на таманские берега проникало язычество, христианство, иудаизм, мусульманство. Здесь миллионы лет расходились и сходились вода с землей, пока не соединились в редкостном географическом альянсе — лукоморьем двух морей: Чёрного и Азовского. В 1792 году, с выходом «Высочайшей грамоты жалованной Черноморскому казачьему войску 30 июня 1792 г.», началось переселение казаков на кубанские земли, и Тамань понесла через века знамя крестной для кубанских казаков земли, куда они сделали свой первый шаг и где построили первую на Кубани церковь.
Благодаря своему уникальному местоположению, Тамань с давних времен была точкой пересечения торговых и экономических путей. И сегодня Темрюкский район — это рыбный край, виноградная нива, держава портов международного значения. На флаге об этом говорит изображение якоря. Якорь — традиционный символ надёжности, спокойствия, твёрдости, удачи.
Темрюкский район имеет колоссальный рыбопродуктивный потенциал. Тамани, расположенной между двумя морями, среди лиманов, каналов и ериков, самой природой велено быть распорядительницей тех съедобных сокровищ, которые нерестуются, обитают и вылавливаются в её водных владениях. Живое серебро — это гордость таманских рыболовов.
Гроздь винограда на флаге Темрюкского района отражает основу местного сельского хозяйства — виноградарство и виноделие. Около 20 тысяч гектаров таманского чернозёма исполосовано километрами виноградных насаждений. Всего 69 столовых и технических сортов винограда, от звучных имен которых — Алиготе, Бианка, Каберне, Молдова, Траминер, Шардоне и др. — рождается таманский эликсир здоровья и долголетия. Переработка винограда происходит на известных винзаводах: «Фанагория», «Южный», «Мирный». Виноград — символ плодородия, изобилия, гостеприимства, щедрости.
Жёлтый цвет (золото) — символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта.
Белый цвет (серебро) — символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Голубой цвет (лазурь) — символ чести, благородства, духовности, водных просторов.
Малиновый цвет (пурпур) — символ достоинства, славы, почёта и величия.

Авторы флага: А. В. Раков (идея), К. Ф. Мочёнов (вексиллологическая доработка), Г. А. Русанова (компьютерный дизайн), К. В. Переходенко (обоснование символики).

Флаг района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2141

По сообщению Н. Рокуша