Флаг Тимашевского района утверждён решением Совета МО "Тимашевский район" № 102 от 22 декабря 2004 года.

Прямоугольное полотнище с отношением высоты к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих горизонтальных полос голубого (вверху) и пурпурного цветов, разделенных белой волнистой линией шириной в 1/10 высоты полотнища. В центре голубой полосы – фигура из герба Тимашевского района – желтый летящий к древку орел с желтой казачьей шашкой в лапах.

Голубой цвет обозначает величие, преданность, честь и добродетель, символизирует обороноспособность и вековые традиции. Волнистая полоса символизирует реки района.

Авторы флага: С.В.Гречко и Н.Г.Цымбалистов, компьютерный дизайн - А.В.Мирончук.

По сообщению П.Гросса в рассылке "РуссоВекс" со ссылкой на сайт Тимашевского района

Флаг района внесён в Государственный геральдический регистр РФ под № 1689.