Флаг Тобольского района утвержден Решением Думы Тобольского района от 22 июля 2008 года № 29 "О гербе и флаге Тобольского муниципального района". Cогласно тексту Положения о флаге:

"1.3. Описание флага: Полотнище с отношением ширине к длине 2:3, составленное из двух равных вертикальных полос синего и зеленого цветов, вдоль нижнего края которого и на расстоянии в 1/12 от ширины полотнища проходит полоса белого цвета шириной в 1/6 от ширины полотнища.
По центру большей, расположенной над белой полосой, части полотнища помещено изображение фигур муниципального герба (щит, булава, знамена), выполненное белым и красным цветами. Вдоль белой полосы помещено изображение сомкнутых лилий синего цвета. Оборотная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

По сообщению В.Маркова со ссылкой на сайт Тобольского муниципального района