Поселок Томилино до 2017 года входил в состав Люберецкого района и составлял в "Люберецком муниципальном районе" муниципальное образование "городское поселение Томилино". В декабре 2016 года Мособлдума одобрила формирование на территории Люберецкого муниципального района городского округа Люберцы, соответствующий закон вступил в силу 9 января 2017 года. Таким образом городское поселение Томилино утратило статус муниципального образования, посёлок вошёл в состав МО "городской округ Люберцы".

Флаг Томилино утвержден Постановлением Главы МО "поселок Томилино" от 30 декабря 2005 года №387 "О гимне и флаге поселка Томилино". Официальное описание флага и его символики:

"Флаг поселка представляет прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3 несущее изображение в цветной гамме герба муниципального образования.
Флаг разработан на основании герба, который языком символов и аллегорий отражает исторические, культурные и экономические особенности муниципального образования.
В голубом (лазоревом) поле - золотое заполненное зеленью стропило, внизу -усеченно-зубчатое, с зеленым ромбом, обрамляющим каждый зубец; из вершины стропила вниз выходит золотой гонт, соединенный на конце с таким же шестиугольником, обрамленным зеленым ромбом. Вверху стропило сопровождено двумя серебренными вогнутыми ромбами, каждый из которых обрамлен двумя двухлопастными золотыми пропеллерами в крест. Внизу в зеленом поле стропило сопровождено золотой головой петуха с красными (червлеными) гребнем и бородкой, в раскрытом клюве - серебренный ромб.
Золотое стропило с орнаментом показывает, что основание поселка связано со строительством деревянных дач, для которых разные стропила были характерным украшением фасадов.
Серебренные ромбы-звезды, пропеллеры и голубой цвет символизируют основную сферу деятельности местных предприятий, связанных с авиацией и космонавтикой.
Петух с ромбом-алмазом указывает на другие производства, действующие в поселке: первую в стране промышленную птицефабрику и завод алмазных инструментов.
Зеленое поле отражает окрестности поселка".

По материалам справочной правовой базы "Гарант"

Решением Совета депутатов ГП Томилино от 20 апреля 2012 года №5/2 этот флаг утверждён для "городского поселени Томилино". Описание флага:

"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали фигурным стропилом жёлтого цвета, выходящим из середины вертикальных краёв, на голубую (меньшую) и зелёную части. В голубой части полотнища — два белых вогнутых ромба с жёлтым вписанным четырёхлопастным пропеллером в каждом. В зелёной части полотнища — жёлтая голова петуха с красными гребнем, глазами и бородкой, держащая в клюве белый вогнутый ромб".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №7762.