Флаг и герб города Томска утверждены решением городской Думы №136 от 28 января 1999 года (за подписью мэра А.С.Макарова). Тогда же депутатами принято "Положение о гербе и флаге".

Cогласно статье 11 Положения о гербе и флаге:

"Флаг города Томска представляет собой прямоугольное полотнище, состоящее из двух равных прямоугольных полос, верхняя полоса - белая, нижняя полоса зеленого цвета, с отношением ширины флага к его длине - 1 : 1,5. В центре полотнища помещается изображение среднего герба г.Томска, без обрамляющей ленты и девиза, размерами 1/9 полотнища".

Вид среднего герба Томска устанавливает статья 5 того же Положения:

"Средний герб г.Томска: в зеленом поле серебряный вздыбленный вправо конь с червлеными (красными) глазами и языком, над головою коня золотая корона. Щит обрамлён зелёной с серебряными полями лентой. Девиз ”ЗНАНИЕМ И ТРУДОМ” начертан серебряными буквами на ленте. Над щитом - золотая птица Сирин".

Автор герба - А.Ю.Акимов.

В тексте использована информация сайта Администрации Томска,
а также юридической базы http://www.trecom.tomsk.ru

18 ноября 2003 года Томская городская Дума приняла Решение №503 "Об утверждении Положения "О гербе и флаге города Томска и порядке их использования". Решение подписали мэр города А.С.Макаров и Председатель Томской городской Думы Н.А.Николайчук. Это решение отменило прежнее Положение о гербе и флаге Томска (28.01.1999). Согласно тексту "Положения о гербе и флаге..." (Приложение к решению от 18.11.2003):

"Статья 9. Флаг города Томска представляет собой прямоугольное бело-зеленое полотнище с соотношением сторон 2:3. Белая полоса, шириной 1/3 полотнища, размещена у геральдически правого края полотнища флага. В центре флага изображен скачущий вправо серебряный конь. (Рисунок флага города Томска - Приложение N 2 к Положению)"

Материалы сайта http://www.asdg.ru/asdghtml/bull/

Существовало Решением Думы города Томска № 918 от 10 декабря 2013 года, в нём описывался тот же вариант флага, что и 18.11.2004 г.

Новое Положение об официальных символах МО "город Томск" утверждено Решением Думы города Томска от 27 августа 2018 года № 1137.

"7. Геральдическое описание флага Города Томска:
прямоугольное полотнище зеленого цвета с отношением ширины к длине 2:3, в центре которого вздыбленный в сторону древка конь белого цвета. Графическое изображение флага Города Томска содержится в приложении 2 к настоящему Положению.

В томской прессе было заявлено, что рисунок коня на флаге значительно переработан, "убраны диспропорции", уточнен оттенок зеленого цвета. Хотя злые языки сразу же обратили внимание на похожесть новой прорисовки томского коня на герб германской земли Нижняя Саксония.

Текст документа прислан В. Пермяковым

Флаг Томска внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 13786.