Флаг Троицкого района утвержден Постановлением №338 районного совета депутатов от 19 ноября 2003 года.

3.1. Описание флага Троицкого района:
"Флаг Троицкого района представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное на 4 сходящихся внизу равновеликих клина - два зеленых (у древка и вверху ближе к свободному краю) и два красных (вверху ближе к древку и у свободного края), в верхней части полотнища - три равновеликих желтых креста в ряд".
3.2. Обоснование символики флага Троицкого района
В основу флага Троицкого района легло его географическое положение. По этой территории в 1743 году проходила Уйская укрепленная линия и была построена крепость, находившаяся на Сибирском торговом пути с народами Казахстана, Средней и Центральной Азии.
Современная территория Троицкого района находится на границе Российской Федерации с Казахстаном. Пограничные столбы России окрашены красно-зелеными полосами. Это и нашло свое отражение во флаге.
Три желтых равновеликих креста, взятые из композиции исторического герба города Троицка (центра района), - символ Святой Троицы.
Желтый цвет (золото) символизирует божественный свет, веру, милосердие, знатность, постоянство, богатство.
Зеленые части полотнища символизируют изобилие природных богатств района.
Зеленый цвет - цвет жизни и возрождения.
Красный цвет - символ мужества, красоты и жизни.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Владимир Вовчко (г. Троицк), Константин Моченов (г. Химки);
обоснование символики: Галина Туник (г. Москва);
компьютерный дизайн: Сергей Исаев (г. Москва).

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №1358.

Использованы материалы книги К.Ф.Моченова и Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований", а также текст постановления из базы нормативных документов Министерства юстиции.