Труновский район создан в 1935 году, назван в честь героя гражданской войны К.А.Трунова. В 1963-1970 годах район упразднялся, но затем восстановлен. Административный центр района - село Донское. В состав современного муниципального района входят 6 муниципальных образований первого уровня: Безопасненский сельсовет, Донской сельсовет, Кировский сельсовет, село Новая Кугульта, село Подлесное, Труновский сельсовет.
В сентябре 2006 года руководство района обратилось к художнику С.Е.Майорову с просьбой разработать флаг и герб для района. 26 декабря 2006 года Совет депутатов Труновского района Решением № 63 утвердил разработанные С.Е.Майоровым проекты. Флаг повторяет композицию герба. Полотнище разделено по-вертикали на синюю и красную части, что символизирует географическое положение района на границе области Войска Донского и Азово-Моздокской оборонительной линии (терских казаков), на фоне этих частей изображены две пики - традиционное казачье оружие - и белая капля (слеза). Скрещенные пики символизируют также, что в Труновском районе донские и терские казаки "держат границу на замке". Капля символизирует Правоегорлыкский канал с его мелиоративной сетью. В верхней части полотнища зубчатая жёлтая полоса, на которой красный колос. Полоса символизирует военную историю крепости, её шесть зубцов - шесть муниципальных образований внутри района.
Использованы материалы книги Н.А.Охонько "Символы малой Родины"
Флаг утвержден Решением Совета Труновского МР № 63 от 26 декабря 2006 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2828 в феврале 2007 года. В верхней жёлтой части полотнища два колоска.
Материалы геральдического архива В. Маркова.
Окончательно герб утвержден в редакции Решения Совета Труновского МР от 28 августа 2007 года №33. На верхней жёлтой полосе почему-то снова один колос...
2. Описание ФЛАГА
2.1. Геральдическое описание ФЛАГА:
ФЛАГ Труновского муниципального района представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос жёлтого(вверху) и сине(у древка в 1/2 ширины флага)-красной. Стороны переходят друг в друга прямоугольными (сообразно полотнищу) зубцами: синяя в жёлтую тремя, желтая в синюю тремя полными и одним(по центру полотнища) половинами, красная в жёлтую тремя, жёлтая в красную тремя полными и одним(по центру полотнища) половинным, минимальная ширина жёлтой полосы 1/8, максимальная – 1/4 ширины полотнища. В центре жёлтой полосы обращённый от древка красный колос. В центре сине-красной полосы две белые остриями вверх казачьи пики накрест, под ними белая слеза(капля).
2.2. Толкование символики ФЛАГА:
В XVIII веке по территории нынешнего Труновского муниципального района Ставропольского края проходила Азово-Моздокская оборонительная линия, административный центр района - село Донское - было одной из её крепостей.
Рассечённое сине-красное поле полотнища ФЛАГА символизирует объединение Донской, Кубанской и Терской казачьих областей, а также цвета этих войск. Жёлтая стенозубчатая полоса символизирует крепость как составную часть Азово-Моздокской оборонительной линии.
Шесть зубцов своим числом символизирует шесть муниципальных образований: Донской сельсовет, Безопасненский сельсовет, Труновский сельсовет, Кировский сельсовет, село Подлесное и село Новая Кугульта, входящих в состав территории Труновского муниципального района.
Две скрещенные белые казачьи пики символизируют казачьи корни основного населения.
Традиционный геральдический символ влаги, жидкости белая слеза (капля) символизирует развитую сеть мелиоративных сооружений, находящихся в районе.
Красный колос, белая капля, а также жёлтая полоса своим цветом отражают аграрно-хозяйственную ориентацию Труновского муниципального района».
Использованы материалы книги Н.А.Охонько "Символы малой Родины" и базы нормативных документов Минюста
В 2020 году Труновский муниципальный район преобразован в Труновский муниципальный округ, все муниципальные образования в составе Труновского муниципального района упразднены. Но как административно-территориальная единица Труновский район продолжил существование.
Решением Совета Труновского муниципального округа от 16 февраля 2021 года № 8 "Об утверждении официальных символов Труновского муниципального округа Ставропольского края" Труновский муниципальный округ определен правопреемником герба и флага Труновского муниципального района. Утверждены также Положения о гербе и флаге. Согласно Положению о флаге:
"1. Геральдическое описание ФЛАГА:
ФЛАГ представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос жёлтого (вверху) и сине (у древка в 1/2 ширины флага)-красной. Стороны переходят друг в друга прямоугольными (сообразно полотнищу) зубцами: синяя в жёлтую тремя, желтая в синюю тремя полными и одним (по центру полотнища) половинами, красная в жёлтую тремя, жёлтая в красную тремя полными и одним (по центру полотнища) половинным, минимальная ширина жёлтой полосы 1/8, максимальная – 1/4 ширины полотнища. В центре жёлтой полосы обращённый от древка красный колос. В центре сине-красной полосы две белые остриями вверх казачьи пики накрест, под ними белая слеза (капля).
По информации В. Пермякова