Флаг Учалинского района утвержден решением Совета муниципального района Учалинский район Республики Башкортостан от 13 июля 2006 года №128. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №3232, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №059. Автор флага - Салават Гилязетдинов. Первоначально флаг состоял из зеленой и белой горизонтальных полос в соотношении 4:1, на зеленой изображался бегущий жёлтый конь. Но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета флаг был несколько переработан. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех горизонтальных полос: верхней желтого цвета шириной 1/10 ширины полотнища, средней зеленого цвета шириной 4/5 ширины полотнища и нижней желтого цвета; в центре зеленой полосы скачущий к древку конь желтого цвета".

Символика флага повторяет символику герба. Поэтому уместно привести здесь обоснование символики герба района:

Уникальна и неповторима Учалинская земля. Это край голубых озер, серебристых рек, высоких скалистых гор, богатых дремучих лесов. Район расположен на восточном склоне хребта Урал-тау в пределах двух частей света: Европы и Азии. В гербе это нашло отражение в виде высоких гор с тремя вершинами, разделенных золотыми линиями. Высокие горы означают духовную высоту, вечность, чистоту, постоянство, подъем. Центральной фигурой герба является золотой скачущий конь -благородное животное, символ жизненной силы и красоты, храбрости и ловкости, олицетворяет преемственность поколений и устремленность в будущее.
Коневодство - традиционный вид деятельности башкир во все времена.
На территории района имеются месторождения медноколчеданных руд, рудного и россыпного золота, хромита, талька, облицовочного, строительного, поделочного камня и других. Изделия из Учалинского гранита украшают залы Эрмитажа. Гранит, яшма и мрамор широко использовались при реконструкции памятников, ремонте набережных г. Санкт-Петербурга в год его 300-летия, строительстве юбилейных объектов в городе Уфе.
Богатство недр в гербе отражает золотой цвет главы и оконечности - геральдический символ благополучия, процветания и дальнейшего развития района.
Богатство территории района водой отражено в гербе лазоревыми волнообразными линиями в оконечности. В районе имеется 29 озер, среди которых жемчужины края - озера Ургун и Калкан. Здесь берут начало реки Урал, Миасс, Уй и начинает свое течение главная река Башкортостана - Агидель.
Серебряный цвет - символ веры, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, особо присущих учалинцам.
Зеленый цвет - цвет природы, означает обновление, свежесть, плодородие, надежду.
Лазурь - символ вечности, преданности, чистоты, духовности и интеллектуальности.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан