Флаг Уфимского района утвержден решением Совета муниципального района Уфимский район Республики Башкортостан от 3 июля 2006 года № 7. Первоначально полосы на флаге были горизонтальными (красная вверху), но в ходе консультаций с экспертами Геральдического совета полосы были развернуты. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №3231, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №058. Автор флага - Ильгиз Насибуллин. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос: красного (у древка) и зеленого цвета, в центре которого - скачущий конь белого цвета".

Cимволика флага повторяет символику герба, поэтому приведем обоснование символики герба района:

История и развитие Уфимского района тесно связана с возникновением города Уфы как города-крепости и становлением как столицы Республики Башкортостан. Особенностью района также является его географическое положение вокруг крупного экономического и политического центра республики. Все это обусловило то, что территория района была центром крупных исторических событий. Жители района бережно хранят память о крестьянском восстании за волю и свободу под руководством Е.Пугачева, штаб которого находился в селе Чесноковка. В гуще событий оказался район в годы гражданской войны. Во время Великой Отечественной войны здесь формировалась легендарная 112-й Башкирская кавалерийская дивизия под командованием генерала М. Шаймуратова. Поэтому центральной фигурой герба выбран скачущий белый конь - как народная память о прошлом и символ устремленности в будущее.
Красный цвет символизирует патриотизм, преданность Родине, свободу, благородство, а также кровь, пролитую за отечество.
Зеленый цвет поля герба - это символ жизни, вечности, изобилия, плодородия, покоя и мира.
Лазоревая оконечность герба с серебряными рыбами символизирует географическое положение района у слияния рек Белой, Уфы, Демы и Уршака, насыщенность его озерами и реками, богатыми рыбой.
Лазоревый цвет - символ совершенства, миролюбия и щедрости.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан

Решением Советм МР Уфимский район от 23 декабря 2014 года № 182 в решение о флаге от 3.07.2006 года внесены некоторые изменения, не затронувшие ни внешнего вида, ни описания флага.

Текст решения взят с сайта "Региональное законодательство Башкортостана"