Флаг района создан на основе районного герба. Флаг утверждён Решением представительного собрания Усть-Кубинского муниципального района от 26 ноября 2001 года №83 "О флаге Усть-Кубинского муниципального района" и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №977.

Флаг Усть-Кубинского муниципального района Вологодской области представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощенной версии.

По материалам сервера Вологодской области
По материалам справочника "Гербы и флаги Вологодской области", Вологда, 2009 г.

В 2022 году Усть-Кубинский муниципальный район был преобразован в Усть-Кубинский муниципальный округ. При этом как административно-территориальная единица Усть-Кубинский район сохранился.