Флаг Усть-Удинского района утвержден решением Думы Усть-Удинского района от 26 марта 2020 года № 8/2-РД и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 12981.

Описание флага Усть-Удинского района:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Усть-Удинского района, выполненные желтым, синим, черным и зеленым цветом. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую».

Обоснование символики флага Усть-Удинского района.
Флаг Усть-Удинского района составлен на основании герба Усть-Удинского района и повторяет его символику.
Русские землепроходцы начали заселять территорию будущего Усть-Удинского района в конце ХVII века. Основными видами деятельности первопоселенцев были охота и рыболовство. В 1856 году территория нынешнего Усть-Удинского района стала частью Балаганского уезда. В эти годы регион интенсивно развивается, увеличиваются площади обрабатываемых земель. Увеличение пахотных земель в основном шло за счет вырубки леса. Усть-Удинский район имеет лесопромышленный и сельскохозяйственный профиль. Усть-Удинский район является традиционно охотопромысловым районом. Основными объектами охоты являются не только глухари, тетерева, утки, вальдшнепы, но и белки, соболя, медведи.
Герб района отражает его географические, природные, исторические и экономические особенности.
Вилообразный крест – символизирует слияние рек Уда и Ангара. В месте этого слияния находился поселок Усть-Уда, который после сооружения на Ангаре Братского водохранилища был затоплен, а его жители были переселены во вновь построенный рабочий поселок, сохранивший название прежнего поселка.
Поле внутри вилообразного креста заполнено зеленым цветом и окаймлено золотом подобно кроне ели, что символизирует лесозаготовительную промышленность района.
Древняя крепостная деревянная башня символизирует историю Усть-Удинского района, когда в конце ХVII века русскими землепроходцами началось освоение местных земель.
Медведь – символизируют богатую фауну здешних мест.
Золото – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Лазурь - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения, а также символизирует Братское водохранилище и реки района.
Примененные в гербе цвета и металлы символизируют:
желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, стабильности, интеллекта;
голубой цвет (лазурь) – символ чести, благородства, духовности;
зеленый цвет символизирует богатые леса района, сельскохозяйственные угодья, здоровье, весну, молодость и надежду;
Черный цвет символизирует благоразумие, мудрость, скромность, честность.
Авторская группа:
идея флага: Сергей Чемезов (Усть-Удинский район);
- геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
- художник: Роберт Маланичев, Ольга Салова (оба Москва);
- компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
- обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По материалам сайта Союза геральдистов России. Текст документа прислан В. Пермяковым