Флаг Вагайского района утвержден Решением Думы объединенного МО Вагайский район от 24 ноября 2003 года №56. Согласно тексту Положения о флаге:

Статья 1. Флаг объединенного муниципального образования Вагайский район (далее флаг Вагайского района) представляет собой прямоугольное полотнище из трех равных по ширине горизонтальных полос: верхней -синего цвета, средней - красного цвета и нижней - зеленого цвета с наложением на них со стороны дерева прямоугольного равнобедренного треугольника белого цвета. По середине треугольника расположена эмблема зеленого цвета, которая в точности воспроизводит границы ОМО Вагайский район. Отношение ширины флага к его длине 2:3.

Использовано изображение флага на сайте Вагайского МО

Новый флаг Вагайского района утвержден Решением Думы Вагайского муниципального района от 23 декабря 2011 года №242 "О символике (гербе и флаге) Вагайского муниципального района". Согласно тексту Положения о флаге:

"2.1. Описание ФЛАГА:
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех равных вертикальных полос - зелёной, синей и зелёной и несущее два стилизованных изображения кедров, выполненных желтым цветом и расположенных на границах полос; в нижней половине полотнища изображены белые полумесяц со звездой и равноконечный крест, перекрывающие изображения кедров в части стволов.
Обратная сторона аналогична лицевой.
2.2.Толкование символики ФЛАГА:
Кедры служат указанием на лесные богатства территории, в особенности, на кедрачи.
Полумесяц и крест символизируют собой историю заселения и освоения края сибирскими татарами и русскими переселенцами.
Ограниченное зелеными краями синее поле указывает на обилие водоемов и протекающую по территории района реку Иртыш".

По сообщению Б.Вольфова