Флаг Вашкинского района утверждён Решением представительского собрания Вашкинского муниципального района от 9 декабря 2008 года № 77 "О флаге Вашкинского муниципального района" и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 4653.

"Флаг Вашкинского муниципального района представляет собой полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее изображение фигур и цветов полей герба района в упрощенной версии".

"Толкование символики ФЛАГА:
Княжеская шапка говорит о том, что согласно существующей легенде на северном берегу Белого озера был основан один из первых русских городов Белоозеро, в районе нынешней Киснемы. Первым князем был варяг Синеус. С IX-XIY вв. территория Вашкинского района входила в состав отдельного Белозерского княжества.
Дерево липа и лист липы символизируют крупное село Липин Бор – центр Вашкинского муниципального района, получившее своё название из-за огромных зарослей лип в окрестностях села, которые приносили большой доход крестьянскому хозяйству.
Лазоревая полоса символизирует Вашкозеро давшее название селу Вашки и Вашкинскому району, которое в 30-е годы ХХ века в связи с работами по реконструкции Мариинского водоканала оказалось в зоне затопления. Голубой цвет – символ чести, славы, преданности, истины, добродетели.
Золотая (жёлтая) рыба уклейка указывает на название села Вашки и Вашкинского района, что в дословном переводе с вепсского означает «медная рыба». Цвет рыбы перекликается с цветом меди.
Белое полотнище указывает на то, что с. Липин Бор расположилось на берегах Белого озера.
Зелёный цвет – символ жизни, здоровья и возрождения.
Красный цвет – символ мужества, красоты, геройства.

По материалам справочника "Гербы и флаги Вологодской области", Вологда, 2009 г. Текст документа предоставлен В. Марковым