Флаг МО "Верхняя Эконь" утвержден Решением Совета депутатов сельского поселения «Село Верхняя Эконь» № 10 от 9 ноября 2018 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 12377. Описание флага:
2.1. Описание флага сельского поселения «Село Верхняя Эконь»:
«Прямоугольное двухстороннее полотнище белого цвета с отноше-нием ширины к длине 2:3, на котором красным, голубым и чёрным цветом изображены деления и фигуры из герба сельского поселения «Село Верхняя Эконь»».
2.3. Обоснование символики флага сельского поселения «Село Верх-няя Эконь».
Обоснование символики флага сельского поселения «Село Верхняя Эконь», базируется на описании герба сельского поселения «Село Верхняя Эконь», на основе которого выполнен флаг.
Основной белый цвет полотнища флага - символ чистоты.
Стилизованная голова тигра, помещенная в гербе в национальном нанайском стиле, отражает наиболее почитаемое у коренных приамурских народов животное, а также, в знак того, что село относится к одному из трех национальных сел Комсомольского района (также с. Бельго, с. Нижние Халбы). Почетное место фигуры (во главе щита) указывает на его особую значимость.
Голубая перевязь – символ одного из переводов топонима В. Эконь – ручей.
Черный дом с помещенной в него рыбой – символ рыбозавода и одновременно рыбных запасов, дающих пропитание жителям села.
Сельское поселение «Село Верхняя Эконь» относится к местностям, приравненным к районам Крайнего Севера, что аллегорически отражено преобладанием в гербе (а соответственно и во флаге) поселения серебра.
Серебро – символ чистоты, открытости, мудрости, примирения.
Красный – символ храбрости, мужества и неустрашимости.
Лазурь – символ возвышенных устремлений, искренности, преданно-сти, возрождения, мягкости и величия.
Черный цвет символизирует благоразумие, скромность, честность, образованность.
2.6. Авторская группа.
Идея герба и проект 2003 г.: Андрей Аксёнов (Комсомольск-на-Амуре).
Художник и компьютерный дизайн: Андрей Аксёнов (Комсомольск-на-Амуре).
Обоснование символики: Андрей Аксёнов (Комсомольск-на-Амуре).
Материалы геральдического архива В. Маркова. Текст документа прислан В. Пермяковым.