Верхнебуреинский туземный район образован в 1927 году. Административный центр района - посёлок Чегдомын.

Флаг Верхнебуреинского муниципального района утверждён решением Собрания депутатов Верхнебуреинского муниципального района Хабаровского края №23 от 28 февраля 2012 года.

Флаг Верхнебуреинского района составлен на основании герба Верхнебуреинского района по правилам и соответствующим традициям геральдики и отражает исторические, культурные, социально-экономические, национальные и иные местные традиции.
Описание и обоснование символики флага
Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трёх горизонтальных полос с геральдическими цветами: жёлтый, зелёный, белый. На зелёной полосе, в центре, расположен герб Верхнебуреинского муниципального района.
Флаг района является визитной карточкой района, знаком качества труда его жителей.
Золотисто-жёлтый цвет символизирует добычу золота, важнейшую отрасль экономики Верхнебуреинского района. Золотисто-жёлтый цвет – знак богатства и благополучия.
Зелёный цвет – символ природы, здоровья, молодости, отражает территорию района большей частью, покрытую тайгой.
Белый цвет – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.

На практике часто использовался флаг из трёх полос без изображения герба.

Источник - сайта http://verhbyreya.ucoz.ru:80/index/simvolika_rajona/0-7

После доработок герб и флаг Верхнебуреинского муниципального района Хабаровского края утверждены решением Собрания депутатов Верхнебуреинского муниципального района № 157 от 20 февраля 2020 года. Эта версия флага прошла экспертизу в Геральдическом совете и была внесена в Государственный геральдический регистр РФ под № 12923. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба муниципального образования в жёлтом, чёрном, красном и зелёном цветах".

Черная фигура (копр шахты) символизирует добычу угля, червленый шар (солнце) – символ Востока, еловидные углы – хвойные леса, соболь – основной промысловый вид фауны.

Авторская группа:
идея - на основе герба Верхнебуреинского района, утвержденного 28 февраля 2012 г.
геральдическая доработка, обоснование символики - Ю. Росич (г. Москва);
компьютерный дизайн - А. Карпова (г. Барнаул), Ю. Росич (г. Москва).

Материалы геральдического архива В. Маркова. Текст документа и фото свидетельства присланы В. Пермяковым.