Флаг поселка Верховье утверждён Решением Верховского поссовета народных депутатов от 29 июля 2015 года № 30/5. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 10584. Описание флага:

2.1. Описание флага поселка Верховье:
"Прямоугольное двухстороннее полотнище с отношением ширины к длине 2:3, составленное из равных горизонтальных полос красного и зеленого цвета, общая граница которых выгнута дугой вверх. В центре каждой части полотнища изображены фигуры из герба поселка Верховье: желтое пламя и белое колесо".
2.2. Рисунок флага поселка Верховье приводится в приложении 1 к настоящему Положению, являющемся неотъемлемой частью настоящего Положения.
2.3. Обоснование символики флага поселка Верховье.
Название поселка происходит от слова "Верх", то есть верх реки, исток, начало, так как поселок примыкает к истокам реки Труды. Первоначально эта река называлась Труцкое Верховье. Со временем слово Труцкое отпало и осталось Верховье (в словаре русского языка под редакцией С. И. Ожегова «Верховье — часть реки, близкая к её истокам, а также прилегающая к ней местность»), а речка – Труды. Поселок находится на одной из вершин Среднерусской возвышенности на высоте 196 метров над уровнем моря.
Первое упоминание о Верховье в архивных источниках относится к 1815-1817 годам.
Развитию поселка Верховье послужило строительство железной дороги Орел-Елец, которое началось в 1863 г. и закончилось в 1868 г. Одним из важных железнодорожных узлов, в силу своего географического положения между городами Орел и Елец, стал п. Верховье, где в 70-х годах была построена станция, депо и здание железнодорожного вокзала. В 1871 году от ст. Верховье до ст. Мармыжи Курской области была проложена узкоколейная железная дорога. Это была первая в России "узкоколейка", позже (в 1898 году) заменена на стандартную колею. Вскоре станция получила значение узловой станцией.
Поселок Верховье гордится своими земляками. Один из них Михаил Фёдорович Жуков — российский советский учёный, специалист в области аэродинамики и газоразрядной плазмы.
В самом центре поселка в память о тех, кто освобождал Верховье, и обо всех погибших в Великой Отечественной войне 1941-45 годов воздвигнут мемориал Славы. В августе 1983 года сюда были перенесены останки воинов, погибших в боях за освобождение Верховья.
Символика флага поселка Верховье отражает его историю и географические особенности и потому многозначна:
- зеленая часть полотнища, подобная вершине холма – отражение месторасположения поселения на одной из вершин Среднерусской возвышенности, давшей название поселению;
- колесо - аллегорически отображающее железную дорогу, символизирует крупный железнодорожный узел – станцию Верховье, давший толчок к развитию поселка и прилегающих территорий;
- пламя – символ памяти о воинах, погибших на фронтах Великой Отечественной Войны (о чем образно напоминает оконечность пламени в виде части пятиконечной звезды), память об известных людях верховской земли. Пламя – символ борьбы, преодоления, памяти.
Красный цвет (червлень) – символ труда, мужества, жизнеутверждающей силы, красоты и праздника.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, молодость и надежду.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, открытости, божественной мудрости, примирения.
2.3. Авторская группа.
Идея: Константин Моченов (Химки).
Художник и компьютерный дизайн: Анна Гарсия (Москва).
Обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки).

По сообщению В. Пермякова