Флаг Верховского района утвержден решением Совета народных депутатов Верховского района от 28 февраля 2023 года №18/91-рс и внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 14261. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба Верховского района выполненные в зеленом, синем, желтом и белом цветах. Обратная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую".

Обоснование символики флага Верховского района.
Флаг разработан на основе герба Верховского района, который языком символов и аллегорий отражает природные, экономические и культурные особенности Верховского района.
Символика фигур флага многозначна:
– зеленый холм и сияющее золотое солнце аллегорически показывают Верховский район как сельскохозяйственный – большая часть территории района занимают сельскохозяйственные угодья.
– солнце образно показывает расположение района на востоке Орловской области.
– синяя волнистая кайма аллегорически показывает происхождение названия центра района – поселка Верховье примыкающего к истокам реки Труды (а первоначально эта река называлась Труцкое Верховье), так называлась местность и раскинувшийся на ней населенный пункт. Со временем слово Труцкое отпало и осталось Верховье, а речка – Труды. (В словаре русского языка под редакцией С.И.Ожегова «Верховье - часть реки, близкая к её истокам, а также прилегающая к ней местность»).
– белое сужающееся стропило и станционный колокол, аллегорически отображающие железную дорогу, символизирует крупный железнодорожный узел – станцию Верховье, давшей толчок к развитию поселка и прилегающих территорий.
– стропило, направленное вверх – символ стремления к совершенству, движения вперед, развития.
Красный цвет – символ мужества, силы, труда, красоты, праздника.
Желтый цвет (золото) – символ урожая, богатства, стабильности, уважения, интеллекта.
Голубой цвет – символ чести, благородства, возвышенных устремлений, духовности.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Зеленый цвет – символ природы, здоровья, молодости, жизненного роста.

Авторская группа:
идея флага: Виктор Гладских (Верховский район);
геральдическая доработка: Константин Моченов (Химки);
художник: В.И. Родичев (Верховский район);
компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

По информации К. Ф. Мочёнова