До 2012 года Внуковское сельское поселение входило в состав Ленинского района Московской области. С 1 июля 2012 года вступило в силу Соглашение об изменении границы между субъектами Российской Федерации городом Москвой и Московской областью от 29 ноября 2011 года. К Москве отошли 2 городских округа и 19 городских и сельских поселений на юго-западе Московской области. В том числе и Внуковское сельское поселение.

Флаг сельского поселения Внуковское утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Внуковское от 25 декабря 2007 года №3/2 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 3963. Описание флага:

"Прямоугольное голубое полотнище с соотношением ширины к длине 2:3 в середине которого белыми, серыми, желтыми и оранжевыми цветами изображены фигуры из герба поселения: раскрытая книга с лежащим на ней пером и летящий вверху голубь".

Обоснование символики флага сельского поселения Внуковское.
Сельское поселение Внуковское располагается в западной части Ленинского района в живописнейших местах среднерусской возвышенности с богатыми историческими традициями, глубоко уходящими в историю России. В состав поселения входит часть известного всей России поселка писателей Переделкино - уникального, единственного в мире поселка, который с 1934 г. по просьбе Максима Горького строился по личному распоряжению Сталина в лесу между Измалковом и Лукином на реке Сетуни и ее притоке речке Переделке.
Здесь жили и творили такие известные российские литераторы, среди которых лауреат Нобелевской премии Борис Пастернак, детский писатель Корней Чуковский, поэт и бард Булат Окуджава, поэтесса Белла Ахмадулина и многие, многие другие.
В деревне Изварино (ранее село), входящей в состав Внуковского поселения, расположена известная церковь Илии Пророка, основанная в 3-ей четверти XVII века. История храма Ильи Пророка, как и история самого села, связана с царем Федором Алексеевичем и его воспитателем Федором Куракиным.
Все эти события символически и аллегорически отражены на флаге поселения. Так писарское перо является символом письма, подписи, явного выражения мысли и волеизъявления, скрепления, и символизирует всех тех литераторов, которые проживали и проживают в настоящее время в Переделкино. Об этом же символизирует и раскрытая книга. Начатая запись на правом листе книги символизирует о начале новой страницы в истории поселения.
Голубь - символ Бога-духа, символизирует храм Ильи-Пророка и духовность жителей поселения.
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства.
Авторская группа:
идея флага: Валерий Иванов (Ленинский район), Константин Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Фефелова (Балашиха);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Администрации Ленинского района