31 октября 2002 года Комитет районного самоуправления утвердил Положение о флаге Вологодского муниципального района (решение №309).

25 июня 2004 года Решением №57 Комитет районного самоуправления Вологодского муниципального района внес изменения в Положения о гербе и флаге Вологодского муниципального района. Теперь описание флага звучит следующим образом:

"Флаг Вологодского муниципального района представляет собой полотнище, скошенное червленью и зеленью и несущее изображение фигур герба Вологодского муниципального района. Соотношение длины к ширине 2:3".

Использованы материалы Информационно-поисковой системы "Закон", рисунок предоставлен В.Попоски со ссылкой на сайт WWW.VOLOGDA-OBLAST.RU