Флаг МО "Волоколамский район" утверждён 20 декабря 2004 года. После изменения статуса района (ныне - "муниципальный район") старый флаг был передан по наследству новому муниципальному образованию.

Флаг Волоколамского муниципального района утверждён (подтверждён) решением Совета депутатов Волоколамского муниципального района от 20 июня 2006 года (№343-46) и внесён в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под №1790. Официальное описание флага:

"Флаг Волоколамского муниципального района представляет собой прямоугольное белое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее со смещением к свободному краю зеленое изображение шанцев, а у древка - красный треугольник, примыкающий верхней стороной к верхнему краю полотнища и занимающий 1/5 полотнища".

"Обоснование символики флага Волоколамского муниципального района.
Флаг Волоколамского муниципального района разработан на основе исторического герба уездного города Волоколамска Московской губернии, Высочайше утвержденный 16 марта 1883 г. (по старому стилю), подлинное описание которого гласит: «Въ серебряномъ щитъ зеленое трехугольное укръпленiе. Въ вольной части – гербъ Московскiй. Щитъ увънчанъ серебряною башенною короною о трехъ зубцахъ. За щитом два накрест положенныя золотые молотка, соединенные Александровскою лентою».
Использование старого герба подчёркивает историческую преемственность Волоколамского района от древней Волоцкой земли, непрерывную связь многих поколений людей живших здесь. Применение горностаевого меха в гербе указывает на исторический статус удельного Волоцкого княжества (1462-1513 гг.) и аллегорически символизирует богатое прошлое Волоколамского района, территория которого связана со многими ключевыми событиями русской истории.
Зелёный цвет – символ молодости, здоровья, жизненного роста отражает красивую природу Волоколамского района.
Серебро – символ чистоты, искренности, совершенства, мира и взаимопонимания.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки),
Михаил Медведев (Санкт-Петербург),
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково),
художник и компьютерный дизайн: Галина Русанова (Москва)".

По материалам сайта Союза геральдистов России