Флаг Вышестеблиевского сельского поселения утвержден решением XI сессии Совета Вышестеблиевского сельского поселения от 27 мая 2010 года № 47 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 6341.

Описание флага:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех равных вертикальных полос - голубой, желтой и голубой; желтая полоса несет изображение волнообразно вьющейся виноградной лозы выполненной в зеленом и сиреневом цветах, а каждая из голубых полос - желтыми обращенными лезвиями к краям саблями (имеющими дужки на эфесах), вложенными в желтые ножны".
Обоснование символики флага Вышестеблиевского сельского поселения.
Флаг разработан на основе герба Вышестеблиевского сельского поселения.
Вышестеблиевское сельское поселение расположено в центральной части Таманского полуострова, на берегах лиманов Цокур и Кизилташского - крупнейшего лимана Таманской системы. Деление полотнища на голубые и желтую часть аллегорически показывает расположение поселения на побережье.
Символика виноградной лозы многозначна:
- лоза отражает виноградарство как основной вид сельского хозяйства,
- помимо виноградарства заметную роль играет и виноделие - на территории сельского поселения работают два винзавода,
- виноград аллегорически показывает плодородие почв, ставших основой развития земледелия как фундамента экономики сельского поселения. Виноград - традиционный символ богатства, изобилия, гостеприимства и щедрости, трудолюбия и щедрости.
Сабли символизируют Запорожское казачество - именно казаки были первыми оседлыми жителями этих мест, не только освоившими эти земли, но и ставшими первыми защитниками проходившей здесь государственной границы.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, стабильности, солнечного тепла и жизненной энергии.
Голубой цвет - символ чести, благородства, духовности, цвет морских просторов и бескрайнего неба, подчеркивает приморское расположение Вышестеблиевского сельского поселения.
Зеленый цвет - символ молодости, здоровья, жизненного роста, природы.
Сиреневый цвет (пурпур) - символ славы, древности происхождения, достоинства.
Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Анатолий Раков (Краснодар;
художник: Ирина Соколова (Москва);
компьютерный дизайн: Ирина Соколова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Источник - сайт Союза геральдистов России