Флаг Янаульского района утвержден решением Совета муниципального района Янаульский район Республики Башкортостан от 13 июля 2006 года №78. Флаг внесен в Государственный геральдический регистр Российской Федерации под № 3236, а также - в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под № 027. Автор Салават Гилязетдинов. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище зеленого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого – тонкий просеченный ромб белого цвета; внутри ромба вздыбленный конь белого цвета с гривой и хвостом желтого цвета. В каждом из верхних углов полотнища проросшее семя желтого цвета, а в каждом из нижних углов – такое же опрокинутое семя".

Символика флага повторяет символику герба, поэтому приведем здесь обоснование символики герба Янаульского района:

Янаульский район является «северными воротами» Республики Башкортостан. Его облик напоминает всю нашу республику с ее бескрайними хлебными полями, водными просторами и богатыми недрами. Серебряный ромб на зеленом поле символизирует распахнутые ворота, означающие дружелюбие и гостеприимство янаульцев, их готовность жить в мире и согласии со всеми народами. Серебряный вздыбленный конь с золотыми гривой и хвостом означают мощь и устремленность вперед. Янаульцы никогда не довольствуются достигнутым, каждое поколение стремится вписать новые яркие страницы в славную летопись района. Конь как ничто другое символизирует связь поколений, ибо он испокон веков является одним из основ жизненного уклада башкир и других народов, непременным атрибутом их быта. Конь также символизирует силу жизни, великодушие, мужество и трудолюбие. По углам композиции золотые зерна, вписанные в тамгу башкирского рода Уран, символизируют преемственность поколений и являются символом богатства и знатности, традиционное занятие земледелием. Зеленый цвет герба- это цвет изобилия, плодородия, цвет самой живой природы. Это и символ лесных богатств района, где всегда добывали пушнину, ценнейший мед, собирали ягоды и плоды, заготавливали древесину, сплавляя по реке Каме и ее притокам. Также зеленый цвет в гербе призывает сохранить природные богатства для будущих поколений. Черный цвет оконечности олицетворяет богатство недр нефтью, открытие месторождений которой сыграло большую роль в становлении и развитии района.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан