Флаг Южноуральска утвержден Решением Совета депутатов города №310 26 сентября 2000 года. Авторская группа: Константин Моченов (г.Химки), Владимир Шаврин, Наталья Канина, Надежда Зуева (все трое - Южноуральск), Роберт Маланичев (г.Москва, художник), Сергей Исаев (г.Москва, компьютерный дизайн). Описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделённое по горизонтали на три полосы - красную в 3/4 ширины полотнища, жёлтую в 1/12 и голубую в 1/6 ширины полотнища и имеющее со свободного края широкую жёлтую полосу в 1/3 длины полотнища; поверх границ полос посередине полотнища изображены белые, с черными контурами, фигуры скачущей косули и под ней - две шашки накрест остриями вниз".

Флаг внесен в Государственный геральдический регистр под №669. Синий цвет символизирует водохранилище на реке Увельке, шашки - знак казаков, пересечение жёлтых полос - пересечение дорог, на котором была построена станица Увельская, а затем город Южноуральск.

С любезного разрешения К.Ф.Мочёнова использованы материалы книги: К.Ф.Мочёнов, Г.А.Туник "Официальные символы Челябинской области и муниципальных образований"