Флаг района утвержден Решением Совета депутатов МО "Закаменский район" от 7 сентября 2007 года №240 "О флаге МО "Закаменский район". Согласно тексту Положения о флаге:

"3.1. Описание флага МО «Закаменский район»: Флаг муниципального образования Закаменский район, представляет с собой прямоугольное полотнище, состоящее из двух горизонтальных полос, делящей флаг на две равные части. Верхняя полоса, желтого цвета, нижняя синего. В верхнем левом углу желтой части полотнища на расстоянии одной четверти длины флага от древка изображен герб района. Отношение ширины флага к его длине 1:2.
3.2. Обоснование символики флага: В символике флага приняты два цвета: желтый – цвет солнца, синий – цвет неба. На флаге герб, означающий принадлежность к району.

По сообщению В. Пермякова. Примерную реконструкцию флага по описанию выполнил для нашего сайта Ф. Шмидт.

К маю 2012 года на сайте Закаменского района появилось изображение и описание нового флага района:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Закаменского района в синем, желтом и белом цвете.
Толкование символики ГЕРБА (и соответственно флага):
Синий цвет - символизирует доброту, верность, постоянство.
Друзы (кристалл) – символ района, богатого месторождением различных природных ископаемых, в том числе вольфрамовых и молибденовых руд, имеющих историческое и экономическое значение для района.
Соембо - символ вечной жизни (солнце, луна, очаг), у монголоязычных народов.
Орнамент «меандр» или молоточный орнамент «алхан хээ» выражает идею вечного движения. В данном случае – народное искусство, уважение, любовь к ремеслу и талант народа".

Источник - официальный сайт администрации МО "Закаменский район"