Решением Совета муниципального района "Заполярный район" от 26 декабря 2006 г. №152 "О флаге и гербе муниципального образования "Муниципальный район "Заполярный район" Администрации района было поручено разработать макет флага и герба муниципального образования.
Описание и порядок официального использования герба и флага муниципального образования "Муниципальный район "Заполярный район" Ненецкого АО определены Положением о гербе и флаге МО "Муниципальный район "Заполярный район" и утверждены (решением Совета Заполярного района от 29 мая 2008 года № 313-р "О гербе и флаге муниципального образования "Муниципальный район "Заполярный район".

Описание ФЛАГА: «Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Заполярного района в белом, синем, красном и желтом цветах».

Толкование ФЛАГА:
Красный круг в центре флага символизирует не только ненецкий музыкальный инструмент – пензер (шаманский бубен), что олицетворяет связь с прошлым, но и солнце – источник всего живого на земле.
Деление флага на белую и голубую части – аллегория снега и льда, полярных ночи и дня, аллегория ясного дня над бесконечными просторами Северного ледовитого океана. 19 золотых птиц символически отражают 19 муниципальных образований поселений, которые расположены на территории Заполярного района. Полет птиц по замкнутому кругу символизирует ход времени, цикличность бытия, непрерывность жизненного цикла. Внутренняя золотая кайма составлена из национального узора в виде контура ненецкого чума.
Белый цвет (серебро) – символ открытости, примирения, невинности.
Голубой цвет – символ чистого неба, возвышенных устремлений, чести, бессмертия.
Красный цвет – символ мужества, жизнеутверждающей силы и красоты, праздника.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства.

Флаг Заполярного района внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4132.

По сообщению В.Попоски со ссылкой на сайт http://www.zrnao.ru/

Решением Совета МР "Заполярный район" от 26 ноября 2008 года № 371-р разрешено использовать флаг гражданам и организациям в случае, если это не является надругательством над флагом.

По материалам геральдического архива В. Маркова