Флаг Запорожского сельского поселения утвержден решением Совета Запорожского сельского поселения № 110 от 25 мая 2010 года и внесен в Государственный геральдический регистр РФ за № 7176.

"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, состоящее из трёх вертикальных полос: голубой, малиновой и голубой в соотношении 6:5:6 с изображением посередине фигур герба: якоря, обвитого виноградной ветвью с двумя гроздьями, выполненных белым, серым, жёлтым и оранжевым цветами".

Обоснование символики:
Голубые полосы по краям образно показывают географическое расположение Запорожского сельского поселения, берега которого омывают воды Азовского и Черное морей.
Символика якоря на гербе поселения многозначна:
- якорь - символ надежности, опоры, благополучия, дополняет символику казаков, как защитников государственной границы.
- якорь указывает на порт Кавказ, расположенный на территории сельского поселения.
Виноград как символ гостеприимства и щедрости символизирует радушие местных жителей, а также распространенность виноградарства и виноделия среди местных жителей.
Малиновый цвет (пурпур) - символ достоинства, благородства, власти, величия.
Голубой цвет - символ чести, возвышенных устремлений, духовности; цвет водных просторов и бескрайнего неба.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и взаимопонимания.
Желтый цвет (золото) как символ урожая, богатства, стабильности, солнечного тепла и энергии дополняет образ винограда, показывая плодородие кубанских земель и сельское хозяйство как основу экономики сельского поселения.
Авторская группа:
идея флага: Константин Мочёнов (Химки), Анатолий Раков (Краснодар);
художник и компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Источник - "Геральдика.РУ"