Село Запрудня известно с XVII века. В 1932 году образован рабочий поселок Запрудня, объединивший село Запрудня и окрестные селения. В 2005-2006 гг создано городское поселение Запрудня, в составе которого один населенный пункт - пгт. Запрудня. Муниципальное образование упразднено в 2018 году в связи с преобразованием бывшего Талдомского муниципального района в Талдомский городской округ.

Флаг Запрудни утвержден решением решению Совета депутатов городского поселения Запрудня от 15 мая 2008 года №39 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4101. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края две неравные полосы: верхнюю желтую и нижнюю голубую в 1/10 и и 3/20 ширины полотнища соответственно; и посередине, вплотную к желтой полосе - желтое с белыми деталями изображение цветущей и плодоносящей яблони".

Обоснование символики флага городского поселения Запрудня.
По последним данным, место, где расположено современное городское поселение Запрудня, было заселено более 500 лет назад. Грамота 1506 года подтверждает существование села Гари, территория которого в настоящее время входит в состав городского поселения.
Деревня Запрудня впервые была упомянута в "Писцовых книгах" Дмитровского уезда более 370-ти лет тому назад. Она возникла на берегу речки Куновка, у запруды, которая образовала небольшое озеро. В то время Запрудня находилась в стороне от крупных населенных пунктов и дорог. До ближайшего уездного города Дмитрова было 30 верст, и даже проложенная в конце XIX века Савеловская железная дорога прошла в 15 верстах от Запрудни. Ситуация изменилась в середине ХХ века, когда недалеко от Запрудни прошла трасса канала Москва-Волга. Вдоль канала была проложена шоссейная дорога, которая проходит у окраины поселка. Статус поселка городского типа был получен в 1932 году.
Голубая полоса на флаге поселения - аллегория канала имени Москвы, проложенного рядом с поселением. Запруда на флаге - символически изображена в виде желтой (золотой) полосы. Почетное место на флаге занимает яблоня с цветами и с яблоками - символ яблочного Спаса.
Яблочный Спас или Второй Спас (в отличии от первого медового Спаса и третьего: перенесение Нерукотворного Образа Господа Иисуса Христа) - русское народное название праздника Преображения Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа. Отмечается православной церковью с IV века 6 августа (по новому стилю 19). Этот праздник особо почитаем жителями городского поселения, и отмечается ими как день города. Из трёх Спасов Яблочный Спас является самым главным. На территории поселка действует православная церковь Преображения Господне, что также символически отражено в гербе городского поселения через образ преобразования яблочных цветков в плод - яблоки. Символика яблони многозначна:
- символ плодородия;
- символ молодости и красоты, бессмертия;
- символ братства и согласия.
Красный цвет - символ труда, жизнеутверждающей силы и красоты, праздника, мужества.
Голубой цвет - символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.
Желтый цвет (золото) - символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Белый цвет (серебро) - символ чистоты, ясности, открытости, божественной мудрости, примирения.
Авторская группа:
идея флага: Харитонов (Вербилки), Константин Моченов (Химки), Юрий Моченов (Химки);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Вячеслав Мишин (Химки)".

По материалам сайта Союза геральдистов России