Решением Собрания представителей г. Заречного от 30 ноября 2000 года № 500 "Об утверждении "Положения о флаге города Заречного", "Положения о гимне города Заречною", "Положения о значке депутата Собрания представителей города Заречного" утверждены Положения о флаге и гимне города Заречного.

"Флаг города Заречного представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 1 : 1,5 белого цвета с зелеными и золотистыми аксессуарами оформления. Цвета флага символизируют чистоту, благоустроенность, озеленение и лесное окружение. В центре флага расположено изображение с элементами, герба города Заречного. Цветовая гамма флага перекликается с цветом герба Пензенской области, герба города Заречного и знаком Главы города Заречного.

Текст прислан В. Марковым.

Документ отменён в 2006 году.

Новая символика Заречного утверждена Решением Собрания Представителей г.Заречного Пензенской области от 21 февраля 2006 года №164 "Об утверждении Положения о гербе ЗАТО города Заречного Пензенской области и Положения о флаге ЗАТО города Заречного Пензенской области". Этот документ был принят Собранием представителей г.Заречного 17 февраля 2006 года, подписан главой города Г.Н.Лисавкиным 21 февраля. Согласно Положению о флаге ЗАТО города Заречного:

"3. Описание и обоснование символики флага города Заречного
3.1. Описание флага города Заречного:
"Флаг города Заречного представляет собой прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3. В поле, рассеченном лазурью (синим, голубым) и зеленью зауженный обремененный пониженным бруском в пояс столб и окруженный двумя вытянутыми цикламорами в левую и правую перевязи с безантами поверх правого слева и поверх левого справа; все фигуры золотые".
3.2. Обоснование символики флага города Заречного.
Флаг города разработан на основе его герба. Основная фигура флага Заречного - два вытянутых цикламора накрест символизируют атомные орбиты, указывающие на градообразующее предприятие, крупнейшее промышленное предприятие Министерства атомной промышленности России - ФГУП ПО "Старт".
Зауженный обремененный пониженным бруском в пояс столб контурно повторяет силуэт городского обелиска Победы, который был использован в старой эмблеме. Тем самым сохраняется преемственность символики.
Зауженный обремененный пониженным бруском в пояс столб одновременно напоминает меч - рукоятку, эфес и лезвие, уходящее ввысь.
Меч - символ защиты и справедливости, воплощает отвагу, твердость духа, героизм, мужество и доблесть горожан, а так же аллегорически говорит о роли предприятия и самого города в деле обороноспособности страны.
Золото - символ прочности, богатства, интеллекта, справедливости, уважения.
Рассечение поля на лазурь и зелень аллегорично показывает удобное географическое положение города недалеко от областного центра - города Пензы, на Восточно-Европейской (Русской) равнине, благоприятное сочетание природных условий для здоровья людей - равнинный рельеф, умеренно жаркое лето, умеренно холодная зима, низкая заболоченность, сравнительно высокая лесистость.
Лазурь - символ верности, безупречности, чести, добродетели.
Зеленый цвет - символ свободы, изобилия, радости, жизни.
3.3. Авторская группа:
мотив герба: Г.Ф. Шильцин (г.Заречный),
идея герба: М.В. Шлихтер (г.Заречный),
обоснование символики: И.С. Шишкин (г.Пенза), Г.А. Туник (г.Москва),
компьютерный дизайн: М.В.Шлихтер (г.Заречный)"

...

Флаг Заречного внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2222.

Решением Собрания представителей ЗАТО Заречного от 19 июня 2009 года № 56 в решение о гербе и флаге от 21.2.2006 г. внесены некоторые технические правки, не отразившиеся на внешнем виде и описании символов ЗАТО.

Решением Собрания представителей ЗАТО Заречного от 26 апреля 2013 года № 406 изменения внесены в решение о Положении о флаге, Положении о гимне, Положении о значке депутата... (2000 года). Но эти изменения коснулись только гимна, т.к. подпункт о флаге был отменен еще в 2006 году.