Флаг Зеленоградска утвержден Решение городского Совета депутатов МО "Зеленоградское городское поселение" Калининградской области от 22 апреля 2011 г. №74 "Об утверждении Положения и эскиза флага города Зеленоградска и муниципального образования "Зеленоградское городское поселение"". Согласно тексту Положения о флаге города и МО:

"Описание флага - символика флага МО "Зеленоградское городское поселение" воспроизводит символику герба МО "Зеленоградское городское поселение" и представляет собой полотнище с соотношением ширины к длине 1:1,5, составленное тремя горизонтальными полосами: ярко-зеленой (шириной 2/3 полотнища) и совмещенной (желтого и синего цветов), имеющей общую ширину 1/3 полотнища и разделенной между собой синей и белой волнистыми линиями. В верхней части полотнища размещен герб г. Зеленоградска и МО "Зеленоградское городское поселение". Оборотная сторона полотнища зеркально воспроизводит лицевую сторону".

Справочная правовая система "Гарант".

В 2015 году Зеленоградский район преобразован в Зеленоградский городской округ, Зеленоградское городское поселение вошло в состав городского округа и потеряло статус самостоятельного муниципального образования.