Флаг района утверждён Решением Совета Зеленодольского муниципального района Республики Татарстан от 15 декабря 2006 года (№121 "О флаге Зеленодольского муниципального района Республики Татарстан"). Тогда же утверждено Положение о флаге. Согласно тексту Положения:
"3. Описание и обоснование символики флага Зеленодольского муниципального района
3.1. Описание флага Зеленодольского муниципального района:
"Флаг Зеленодольского района представляет собой зеленое прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее вдоль нижнего края четыре полосы (сверху вниз) - белую в 1/60 полотнища, голубую, белую и голубую в 1/10 полотнища каждая, и вплотную к верней# полосе - желтое изображение ладьи с белым парусом на фоне которого изображен желтый с красными контурами молот обвитый змеями".
3.2. Обоснование символики флага Зеленодольского муниципального района:
Флаг разработан на основе герба района.
Главная фигура - ладья - символически отражает одну из главных отраслей экономики района - судостроительство. В г.Зеленодольске расположен судостроительный завод им.А.М.Горького.
Изображение молота на парусе символизирует одно из ведущих промышленных предприятий района - Производственное объединение "Завод им.Серго" (ПОЗИС).
Кадуцей (в данном случае молот, обвитый змеями) является символом успешной торговли.
Зеленый цвет полотнища указывает на название района. Кроме того, зеленый цвет - символ природы, здоровья, экологии, жизненного роста.
Лазурь (синий цвет) - символизирует Волгу, играющую важную роль в хозяйственной жизни района.
Полосы аллегорически показывают федеральную трассу Москва-Казань (М7), пересекающую район. Белый цвет (серебро) - символ чистоты, совершенства, мира и благополучия.
Лазурь - символ чести, благородства, духовности.
Желтый цвет (золото) - символ урожая, богатства, стабильности и уважения.
Червленый (красный цвет) - символ труда, силы, мужества, красоты.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Михаил Деркунский (Каменск-Шахтинский), Сергей Когогин (Зеленодольск).
Геральдическая доработка произведена Геральдическим советом при Президенте Республики Татарстан совместно с Союзом геральдистов России в составе:
Рамиль Хайрутдинов (Казань), Радик Салихов (Казань), Ильнур Миннулин (Казань), Константин Моченов (Химки), Вячеслав Мишин (Химки), Кирилл Переходенко (Конаково), Оксана Афанасьева (Москва)".
Текст решения опубликован в газете "Зеленодольская правда" от 6 февраля 2007 г. №24
Использованы материалы сообщений М.В.Ревнивцева со ссылкой на правовую справочную систему "Гарант"
Флаг Зеленодольского МР внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2880 и в Государственный геральдический реестр Республики Татарстан под № 98.
Как сообщил нам А.Куприн, на практике изготавливались неофициальные флаги Зеленодольска такого вида.