На гербе и флаге Железногорска (бывш. Красноярска-26) изображен медведь, раздирающий когтями ядро атома. Эта композиция напоминает об особой роли города в советской ядерной программе. Герб с этой композицией известен с конца 20-го века.

20 февраля 2002 года Решением Городского Совета № 14-137Р городской флаг был официально утвержден. Официальное описание флага в приложении к решению от 20.2.2012 г:

"На красном полотнище с соотношением сторон 1:1,6 в левой стороне размещена синяя полоса с отступом от левого края на половину ее ширины.
Синяя полоса символизирует реку Енисей.
Красный цвет - символ храбрости, мужества и неустрашимости.
Справа от синей полосы на красном фоне полотнища в центре размещено золотое изображение части геральдического щита герба ЗАТО г. Железногорск - символ ЗАТО г. Железногорск - медведь в электронных орбитах, разрывающий атомное ядро.
Золотой цвет - символ богатства, справедливости, великодушия.
Габаритная ширина символа соответствует ширине синей полосы.

Использованы материалы официального сайта Администрации ЗАТО города Железногорска

Решением Совета депутатов ЗАТО Железногорск от 30 октября 2012 года №30-169Р утвержден несколько исправленный флаг города. Авторская группа разработки флага: идея флага: Валерий Григорьев (Железногорск); вексиллологическая доработка: Владимир Дюков (Красноярск), Константин Моченов (Химки); художники: Валерий Григорьев (Железногорск), Ольга Салова (Москва); компьютерный дизайн: Ольга Салова (Москва); обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково). Флаг внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 8026. Описание флага:

"Прямоугольное красное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, с изображенным посередине фигур герба ЗАТО Железногорск: белого знака атома из трех переплетенных орбит, и внутри орбит - продетого сквозь них желтого, с белыми клыками и когтями, медведя, передними лапами разрывающего белое ядро знака атома, а задними лапами упирающийся в две из трех орбит".

Использованы материалы www.newslab.ru

Решением Совета депутатов ЗАТО г. Железногорск от 30 мая 2013 года № 36-201Р в решение о гербе и флаге 2012 года внесены изменения, коснувшиеся только вопросов использования герба.