Флаг Зианчуринского района утвержден решением Совета муниципального района Зианчуринский район Республики Башкортостан от 17 июля 2006 года № 9/5. Автор Салават Гилязетдинов. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под №3214, а также в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №019. Первоначальное описание флага:

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное по горизонтали на две равные полосы: верхнюю белого и нижнюю зеленого цветов. В центре – синий круг, занимающий 1/3 длины и 3/5 ширины полотнища. обремененный белым взлетающим журавлем.

После консультаций с Геральдическим советом внешний вид флага и его описание изменены (отдельных решений по этому поводу не принималось):

"Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, разделенное крестообразно на две белые (вверху у древка, внизу против древка) и две зеленые четверти, в центре - круг синего цвета диаметром 1/3 длины полотнища, в котором - взлетающий журавль белого цвета".

Символика флага соответствует символике герба района. Обоснование символики герба Зианчуринского района:

"В основу композиции герба легло историческое прошлое народа, населяющего Зианчуринский район.
На протяжении многих веков свою историю башкиры освещали в генеологических летописях - шэжэре. В ХIV-ХVI веках формируется новый вид башкирских исторических письменностей - жанр тауарих. Произведения "Чингизнаме" считается замечательным образцом среди тюркских тауарихов, написанных между Уралом и Волгой. В этой исторической письменности говорится, что Чингизхан наделил предводителей башкирских родов определенной символикой, сказав: "Эй, Муйтан бей (Муйтан бей - глава рода Усерган)! Твоим деревом будет рябина, твоей птицей - журавль, оран (клич, призыв) - "туксаба", тамга - "койошкан".
Главной фигурой герба является серебряный журавль - символ бдительности и преданности, олицетворения жизненной силы, абсолютного духа и чистого сознания.
Распростертые крылья журавля показывают стремление вперед, в будущее, способность человека преодолевать трудности - качества, особенно свойственные зианчуринцам.
Лазоревый и зеленый цвета характеризуют район как один из экологически чистых районов Республики Башкортостан.
Зеленый цвет символизирует изобилие, плодородие, радость, свободу, покой и мир;
лазоревый цвет - ясность и чистоту помыслов;
серебряный цвет - веру, искренность, чистосердечность и благородство;
золотой цвет - богатство, справедливость, прочность, самостоятельность и величие.
Расположенные в верхней и нижней части герба родовые знаки "тамга" - символизируют любовь к своему историческому прошлому, дань уважения своим предкам, признак бережного отношения к родной земле, к традициям.

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан