Флаг Зилаирского района утвержден решением Совета муниципального района Зилаирский район Республики Башкортостан от 29 июня 2006 года № 84. Автор Салават Гилязетдинов. Флаг внесён в Государственный геральдический регистр под № 3216, а также в Государственный регистр символики в Республике Башкортостан под №020. Описание флага:

"Прямоугольное полотнище белого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого скачущий к древку олень красного цвета с пятнами черного цвета и глазами белого цвета по сторонам от которого, два дерева зеленого цвета, одно над другим".

Символика флага соответствует символике герба района. Обоснование символики герба Зилаирского района:

"Древние легенды гласят об особой храбрости и воинственности усергенцев и тангаурцев, проживавших на территории района. Поэтому на гербе изображен благородный олень, который символизирует воина, с оружием в руках защищавшего свою Отчизну от врагов, а также любовь к своей земле, смелость и великодушие его жителей.
Яркая фигура оленя в гербе олицетворяет также мир и доброту. 450 лет тому назад в середине 16 века именно на тангаурской земле около Зилаира на поляне Айда-Булун состоялся Курултай представителей семи башкирских родов, определивший условия присоединения башкир к Русскому государству. Исторический акт подписания соглашения о переходе башкирских войск на сторону советской власти с условием предоставления Башкирии автономии также состоялся в селе Кананикольское Зилаирского района. Все эти важные события служат подтверждением того, что зилаирская земля всегда была миротворческим центром, началом доброй воли народов.
Символ гор, лесов, преобладание зеленого цвета символизируют богатство природы района - обилие густых лесов, зеленых долин, изобилие растительного и животного мира, плодородие земли, а также свободу, надежду и вечность жизни.
Серебряные волнистые линии в оконечности символизируют реки, а также серебряный цвет - символ трудолюбия, благородства народа, населяющего район, его верности своему долгу" .

Материалы сайта Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан. Текст документа предоставлен В. Марковым