В 1992 году городу присвоен статус закрытого административно-территориального образования. 27 января 1993 года Капустин Яр переименован в Знаменск.

Флаг Знаменска повторяет сюжет герба ЗАТО Знаменск, утвержденного в 2001 году.

Существовали такие документы:
- решение Совета муниципального образования «Закрытое административно-территориальное образование Знаменск Астраханской области» от 26.01.2006 года № 5 "О Положении о флаге муниципального образования «Закрытое административно-территориальное образование Знаменск Астраханской области";
- постановление мэра ЗАТО Знаменск от 31.01.2006 года № 148 "О Положении о флаге муниципального образования "Закрытое административно-террито-риальное образование Знаменск Астраханской области".
Оба утратили силу 25.2.2010 г.

Согласно Положению о флаге (26.1.2006 г.) описание флага такое:

Прямоугольное полотнище красного цвета с синей двусторонней полосой у древка во всю ширину флага. Ширина вертикальной полосы равна 1/5 ее высоты. В середине красного полотна двустороннее изображение основных элементов герба: выходящего, с более короткими желтыми четными лучами, солнца, средний луч которого увенчан желтым цветком и по бокам соединен с двумя белого цвета листами тюльпана, по сторонам от него два длинных луча оканчиваются мечами белого цвета, лезвиями в стороны, имеющими рукояти желтого цвета и распростертые крылья белого цвета. Габаритная ширина изображения основного элемента герба должна составлять 2/5 части длины полотнища. Отношение ширины полотнища к длине - 2:3.

Материалы сайта информационного агентства "Знаменск-ИНФО" (спасибо В.Попоски)

В 2006 году флаг Знаменска внесен в Государственный геральдический регистр РФ под № 2118.

Решением Совета МО ЗАТО Знаменск от 25 февраля 2010 года №14 "О флаге МО ЗАТО Знаменск Астраханской области" принято Положение о флаге.

6. Описание Флага:
"Флаг муниципального образования «Закрытое административно-территориальное образование Знаменск Астраханской области» представляет собой прямоугольное полотнище красного цвета с синей двусторонней полосой у древка во всю ширину флага. Ширина вертикальной полосы равна 1/5 ее высоты. В середине красного полотна двустороннее изображение основных элементов герба закрытого административно-территориального образования Знаменск Астраханской области: выходящего, с более короткими желтыми четными лучами, солнца в цвет поля (без изображения лица), средний луч которого увенчан желтым цветком и по бокам соединен с двумя белого цвета листами тюльпана; по сторонам от него два длинных луча оканчиваются мечами белого цвета, лезвиями в стороны, имеющими рукояти желтого цвета и распростертые крылья белого цвета. Габаритная ширина изображения основного элемента герба должна составлять 2/5 части длины полотнища. Отношение ширины полотнища к длине – 2:3".

Материалы законодательной базы Минюста