Муниципальное образование упразднено в 2017 году в связи с преобразованием бывшего Клинского муниципального района в городской округ Клин.

Флаг Зубовского СП утвержден решением Совета депутатов сельского поселения Зубовское от 21 ноября 2008 года №5/13 и внесен в Государственный геральдический регистр РФ под №4555. Согласно тексту Положения о гербе:

"3.1. Описание флага сельского поселения Зубовское:
"Прямоугольное полотнище с отношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее фигуры из герба поселения, выполненные голубыми, белыми, серыми, желтыми и оранжевыми цветами".
3.2. Обоснование символики флага сельского поселения Зубовское.
Флаг разработан на основе герба сельского поселения Зубовское.
Сельское поселение Зубовское, расположенное на востоке Клинского района славится своей природой.
Сельское поселение Зубовское расположено на территории Клинско-Дмитровской гряды. Здесь находится одна из наивысших точек района – деревня Борис-Глеб. Вероятно, название деревни произошло от имен двух русских святых благоверных князей мучеников Бориса и Глеба. Треугольник, сопровожденный по сторонам двумя княжескими шапками, аллегорически указывает на это место.
На территории поселения расположено большое количество источников, протекает река Лутосня, берега которой утопают в зарослях черемухи. Весной не смолкают трели соловьев. Голубой цвет полотнища флага и ветвь черемухи отражают местные красоты.
Желтый рожок в верхней части флага символизирует неразрывную историческую связь Зубовского поселения с Клинским районом: почтовый рожок – элемент герба Клинского муниципального района.
Белый цвет (серебро) – символ чистоты, ясности, открытости.
Желтый цвет (золото) – символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.
Зеленый цвет символизирует весну, здоровье, природу, жизненный рост.
Голубой цвет – символ чести, благородства, духовности и возвышенных устремлений.
Черный цвет – символ мудрости, скромности, плодородия, вечности бытия.
3.3. Авторская группа:
идея флага: Константин Моченов (Химки), Михаил Медведев (Санкт-Петербург);
художник и компьютерный дизайн: Оксана Афанасьева (Москва);
обоснование символики: Кирилл Переходенко (Конаково).

Использованы материалы сайта Союза геральдистов России и справочной правовой базы "Гарант"