Флаг Богодуховского района утверждён решением сессии Богодуховской районной Рады от 13 мая 2005 года. Согласно тексту Положения "О флаге Богодуховского района Харьковской области"

"Флаг района представляет собой прямоугольное полотнище из трех горизонтальных полос - верхней малинового цвета (цвет флага Харьковской области, 1/2 ширины флага), белого и зеленого цвета (в пропорциях - белый 3/8, зеленый 1/8 ширины флага). Белый цвет символизирует чистоту и благородство, а зеленый - красоту и изобилие. В центральной части флага расположен герб района, обрамленный белой каймой. Пропорции флага: отношение ширины к длине как 2/3, высота гербового щита равна 5/8 ширины флага. Флаг района двусторонний. Навершие древка - металлический конус, высотой, равной 1 / 10 ширины флага, основа конуса равна двум диаметрам древка, закрепляется на цилиндрической основе высотой, равной 1 / 20 ширины флага. На навершие изображен рельеф голубя и калины. Цвет металла, из которого изготавливается навершие, серебряный. Эталонный образец флага района хранится в Кабинете председателя районного совета.

По материалам книги "Кто есть кто на Харьковщине"; на сайте Украинского издательского консорциума

Встречаются изображения флага, где герб перекрывает все три полосы.