До 2014 года Республика Крым входила в состав Украины. В настоящий момент территория Крыма является объектом территориальных разногласий между Россией и Украиной. В ходе политического кризиса на Украине в 2013-3014 гг 11 марта 2014 года Верховный Совет Автономной Республики Крым и Севастопольский городской совет приняли декларацию о независимости Автономной Республики Крым и города Севастополя. Был проведен общекрымский референдум по вопросу будущего республики. 17 марта 2014 года Верховный Совет АРК провозгласил Крым независимым государством "Республикой Крым", в которой город Севастополь имеет особый статус. После чего Государственный Совет Республики Крым обратился к РФ с предложением принять Республику Крым в состав Российской Федерации. 18 марта был подписан межгосударственный договор о принятии Крыма и Севастополя в состав России, в соответствии с которым в составе Российской Федерации образованы новые субъекты — Республика Крым и город федерального значения Севастополь.

Присоединение Крыма и Севастополя к России не признано Украиной, большей частью стран-членов ООН и Евросоюзом. Согласно украинскому законодательству на территории Крыма расположены регионы Украины Автономная Республика Крым и город со специальным статусом Севастополь.

Город Инкерман административно является частью Балаклавского района Севастополя.

Флаг города Инкермана утвержден решением от 27 февраля 2004 года №14/229 Инкерманского городского совета.

"Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, состоящее из пяти полос – красной, белой, синей, белой и синей (с соотношением ширины каждой полосы соответственно:70,5,5,5,15). В центре красной полосы распятый на желтом якоре Св.Климент в серебряном облачении".

Авторы проекта флага: Маскевич Олег Иванович, Коновалов Виктор Иванович.

Использованы материалы севастопольского сайта "Графская пристань" (иллюстрация к статье В.Дорошко, Ю.Жемойдо, В.Коновалова и В.Маскевича)

Решением Инкерманского городского совета от 17 ноября 2015 года № 11/51 герб и флаг города Инкермана вновь учреждены уже как символы внутригородского МО города Севастополя.

5. Описание флага
5.1. Флаг представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3, состоящее из пяти полос – красной, белой, синей, белой и синей (с соотношением ширины каждой полосы соответственно:70,5,5,5,15). В центре красной полосы распятый на желтом якоре Св. Климент в серебряном облачении.

В документах о флаге фигурируют понятия "подлинный образец (оригинал) флага" и "копии флага".

Подлинный образец флага (оригинал) изготавливается из бархата и имеет размеры: ширину 1,0 метр, длину-1,5 метра. Изображение герба выполнено способом художественной вышивки гладью шелковой нитью в цветном изображении, согласно официальному описанию герба г.Инкермана с соблюдением установленных пропорций.
Подлинный образец флага крепится к деревянному древку длиной 3,25 метра и диаметром 40 мм.

Символика флага соответствует символике герба:

3.1. Распятие над серебряными волнами повествует о мученической судьбе одного из величайших проповедников христианства Святого Климента, сосланного согласно преданию в Инкерманские каменоломни в I в. н. э. За свои проповеди по приказу Римского императора Трояна Святой Климент был привязан к якорю и утоплен в море. Во имя Святого, одинаково почитаемого как восточным, так западным христианским миром в Инкермане был основан и ныне возрожден Свято-Климентовский монастырь.
3.2. Виноградная лоза символизирует виноделие, издавна процветающее на земле Инкермана. Инкерманский завод марочных вин, славящийся своим искусством превращать перебродивший сок солнечной ягоды в непревзойденный напиток, достойно продолжает славные традиции крымских виноделов.
3.3. Красный цвет символизирует мужество, самоотверженность, жизнеутверждающую силу, подвиг. Синий цвет отражает красоту, величие, искренность и славу. Белый цвет символизирует мудрость, чистоту и веру.

По сообщению В. Пермякова