Флаг Ямпольского района утвержден 22 января 2002 года.

"Флаг имеет прямоугольную форму, поделенную на две части сине-жёлтой волнистой полоской, что отображает государственную символику. Верхняя часть полотнища имеет малиновую окраску, которую используют во флагах казачьей поры. Нижняя часть полотнища зеленой окраски, как и в гербе несет символику аграрного сектора района. В центральной части полотнища изображен крест мальтийского типа, который имеет желтую окраску, обрамленный золотым цветом, как символ глубоких исторических традиций казачьего края".

По материалам туристской брошюры "Ямпiльский район"