Предложение разработать флаг для Купянска было высказано на на сессии Купянского городского совета в июле 2000 года. 29 декабря 2000 года герб и флаг города утверждены.

Использованы материалы официального сайта Купянского района.

Современный флаг Купянского района (он же флаг города Купянска) утверждён 29 декабря 2000 года решением сессии районного совета Купянского района "Об утверждении символики г. Купянска и Купянского района".

Флаг города и района представляет собой прямоугольное полотнище (соотношение ширины к длин 2:3), малинового, жёлтого и синего цвета при соотношении полос к общей ширине флага: малиновый 1/2, желтый 1/4, синий 1/4 с изображением в левой верхней части герба города.
Высота гербового щита равняется 1/4 ширины флага.
Флаг города и района двусторонний.
Навершие древка представляет собой металлический конус, высотой равной 1/10 ширины флага. Основа корпуса равняется двум диаметрам древка. Крепится на цилиндрическую основу, равную 1/20 ширины флага. Цвет металла, из которого изготовляется навершие, серебряный.

Скан документа прислан С. Бешем.

В то же день, 29 декабря 2000 года, аналогичный документ - Решение "Об утверждении символики города Купянска" - принял и Купянский городской совет. Описание и изображение флага Купянска в этом решении в общем повторяло то, что было утверждено райсоветом, но герб размещался посередине малиновой полосы.

Флаг города представляет собой прямоугольное полотнище (соотношение ширины к длин 2:3), малинового, жёлтого и синего цвета при соотношении полос к общей ширине флага: малиновый 1/2, желтый 1/4, синий 1/4 с изображением герба города посередине малиновой полосы.
Высота гербового щита равняется 1/4 ширины флага.
Флаг города и района двусторонний".

Скан документа прислан С. Бешем. Рисунок из книги "Украина. Гербы и флаги" (парлам. изд-во)