Флаг района утвержден решением районного совета от 11 сентября 2007 года. "Флаг Монастырисского района: прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из пяти вертикальных полос, разделенных ломано - синей, желтой, голубой, белой и синей (соотношение их ширин по средним линиям раздела - 6:4:4:4:6)".

Ломаные полосы образуют букву "М" и указывают на название района. Золотая полоса символизирует реку Золотая Липа, синяя - реку Днестр, а белая - реку Коропец. Купола олицетворяют древний монастырь, давший название городу и району.

По материалам сайта Монастырисcкой районной государственной администрации