Флаг города Нежина утвержден решением горсовета от 29 января 2003 года. Авторы проекта - А. Гречило и О. Гнатов. Прямоугольное полотнище (2:3) состоит из трех горизонтальных полос: синей, белой и малиновой (в соотношении 2:1:2). На синей полосе у древка изображен Юрий-Змееборец. Синий цвет обозначает красоту, мягкость и величие, жёлтый - богатство, справедливость и великодушие, малиновый - миролюбие, щедрость, благородство, белый - чистоту, добро, скромность.

По сообщению Н. Рокуша, 2019 г.

Решением горсовета № 30-37/2018 от 13 апреля 2018 года описания символов города утверждены повторно.

А. Гречило "Гербы и флаги городов и сел Украины", 2020 г