Флаг Печенежского района утверждён решением сессии районной Рады от 20 июля 2000 года. На белом полотнище изображён Св.Георгий Победоносец.

По материалам книги "Кто есть кто на Харьковщине" (на сайте Украинского издательского консорциума). Рисунок и доп.информация взяты из книги "Украина. Гербы и флаги" (парлам. изд-во).

Вероятней всего, флаг района создан по мотивам знамени Печенежской сотни.