Флаг Томашполя утвержден 26 июня 1996 года. Авторы проекта - А. Гречило и Ю. Савчук. На синем полотнище желтые горизонтальная (вверху) и вертикальная (посередине) полосы (шириной каждая в 1/3 ширины полотнища), по сторонам от нее по белой геральдической розе с жёлтой сердцевиной и зелеными листочками.

Желтые полосы на полотнище образуют литеру "Т" - первую в названии поселения. Синий цвет символизирует реку Томашовку. Желтый цвет - символ богатства. щедрости, расцвета, благосостояния.