Флаг Винницкого района утверждён Решением 19 сессии районной Рады 5 созыва №58 от 17 апреля 2008 года. Тогда же утверждено и Положение о флаге. Флаг "представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3. На полотнище размещены три полосы: верхняя - светло-синяя, средняя волнистая - белая, нижняя - зеленая. Высота полос: верхней и нижней - по 2/5 высоты флага, средней - 1/5 высоты флага. В центре флага - изображение малого герба города Винницы, высота которого составляет 1/3 высоты флага".

Серебряная (белая) полоса обозначает реку Южный Буг. Солнце - Подолию. Светло-синяя полоса символизирует борьбу за свободу, надежду, верность и честность. Зеленая полоса - плодородие, щедрость и аграрное производство как основное направление экономики района.

Использовано изображение герба на сайте Винницкой областной Рады