Флаг города Жёлтые Воды разработан Анатолием Васильевичем Шевченко (его проект признан лучшим по итогам конкурса в сентябре 2005 года).

"Форма флага - квадрат (штандарт), который разделён по-диагонали на два поля - красное и синее.
Красное поле - символ советского периода. Это строительство и развитие нашего города, его промышленности. На красном поле размещен символичный атом с электронами золотистого цвета, что символизирует добычу и переработку уранового сырья ранее для создания ядерного щита страны, а в нынешнее время - для ядерного топлива ядерной энергетики Украины.
Синее поле - это символ величия и красоты нашего края, его историческое прошлое. Геральдическими фигурами серебристого цвета изображены две сабли.
Волнистая полоса жёлтого цвета - это символ победы Богдана Хмельницкого над польскими захватчиками на речке Жёлтой в 1648 году.
Синяя и жёлтая составляющая этой части флага подчёркивают современную символику независимой Украины".

По материалам сайта города Жёлтые Воды

В книге "Украина. Гербы и флаги" (парлам. изд-во, 2010 г.) приведен флаг Желтых Вод в виде квадратного полотнища. Такая форма подтверждена и в работе С. Беша "Флаги Украины" (2021 г.) Дата утверждения - 2 марта 2005 года