В 1506 году Бухару завоевали дешт-и-кипчакские племена узбеков хана Шейбана, основавшие династию Шейбанидов. Со второй половины XI века Бухара стала политическим центром государства, за которым укрепилось название Бухарское ханство. В 1595 году Бухарским ханством стала управлять династия астраханских царей Аштраханидов. В 1740 году персидский царь Надир-шах покорил Бухарское ханство, оставив своего преемника — Мухаммеда Рахима, который в 1753 году объявил себя эмиром и основал новую династию — Мангыт (1753-1920), которая просуществовала до падения эмирата.
В 1866-1868 годах русскими войсками была завоевана часть Бухарского эмирата и по мирному договору, подписанному 23 июня 1868 года, бухарский эмир признал протекторат Российской империи и уступил Самаркандское, Катта-Курганское, Пенджекентское и Ургутское бекства (1 января 1887 года в составе Туркестанского генерал-губернаторства была образована Самаркандская область).
Штандарт эмира представлял собой прямоугольное светло-зеленое полотнище, на котором золотом вдоль древка было написано имя эмира, а вдоль свободного края – «шахада» (исламский символ веры – «Нет Бога кроме Аллаха и Мухаммед Пророк Его»). Между надписями помещались золотые полумесяц и 5-конечная звезда над т.н. «рукой Фатимы» - символом пожелания счастья в исламской традиции. Кайма полотнища была оранжевая с черным орнаментом. Древко было зеленым и увенчивалось полумесяцем.
W.Trembicky, Flags of Non-Russian peoples under Soviet Rule, The Flag Bulletin, VIII:3, Lexington, 1969, P.121
По сообщению Ивана Саша (Ivan Sache), в Бухарском музее истории и краеведения хранится бухарское знамя начала 20 века: темно-зеленое полотнище с красной каймой, на котором изображена «рука Фатимы, белые полумесяц и три 5-конечных звезды.
1 сентября 1920 года младобухарцы и бухарские коммунисты подняли в г.Чарджуе восстание, поддержанное частями РККА РСФСР, которые 2 сентября заняли г.Старую Бухару, эмир и его правительство бежали в Восточную Бухару, а затем в Афганистан.
14 сентября 1920 года была провозглашена республиканская форма правления и сформированы высшие органы власти — Всебухарский ревком и Совет народных назиров (комиссаров).
8 октября 1920 года на 1-м Всебухарском курултае (съезде) народных представителей была провозглашена Бухарская Народная Советская Республика
23 сентября 1921 года 2-ой Всебухарский Курултай принял и утвердил Конституцию Бухарской Народной Советской Республики, в статье 79 которой был описан флаг:
"79. Государственный флаг Б.Н.С.Р. состоит из двух параллелей сшитых полотнищ: верхнего – зеленого цвета и нижнего – красного, с изображением посреди их золотого серпа полумесяца, внутри которого находится золотая пятиконечная звезда. На верхнем зеленом полотнище в левом его углу у древка помещены буквы Б.Н.С.Р.
Центральный Государственный архив Республики Узбекистан, ф.Р-47, оп.1, д.1, л.248
По мнению К.А.Иванова, полумесяц был повернут рожками от древка, в верхнем углу у древка имелась надпись надпись «БНСР», а на 5-конечной звезде изображались красные серп и молот.
К.А.Иванов, Флаги государств мира, М, Транспорт, 1971, СС.25-26
Нельзя считать эту реконструкцию абсолютной истиной. Очень сомнительно, что на флаге БНСР была русская аббревиатура (в этом отношении гораздо более правдоподобной выглядит реконструкция Жёма Оллье на сайте «Флаги мира»), вместо серпа и молота в гербе БНСР изображался серп-урак, воткнутый в сноп, на денежных знаках Бухары 1918-1919-1920 гг полумесяц располагался рожками к верхнему краю, то же было и на наградах Бухары. (хотя на более поздних выпусках дензнаков и появился полумесяц рожками вбок).
Использованы отсканированные изображения банкнот с сайта Вадима Ястребова и Андрея Каретникова
В записях голландского флаговеда Daan van Leeuwen (1975) есть несколько вариантов флага Бухары. Он ссылается на информацию из "Flag Bulletin" и сообщения лиц "аффилированных с FIAV". Вероятнее всего. эти флаги - реконструкции.
Записки переданы "Вексиллографии" Jos Poels
У членов первого состава Центрального Исполнительного Комитета (ЦИК) Советов Бухарской НСР, большинство из которых составляли бывшие младобухарцы, разделявшие идеи пантюркизма, были нагрудные значки в виде голубых флажков с изображением красной пятиконечной звезды
14 августа 1923 года чрезвычайная сессия Всебухарского Центрального Исполнительного Комитета (ЦИК) Советов приняла декрет №21 «Об изменении некоторых статей Конституции Б.Н.С.Р.», которым было установлено:
"1. Внести в текст Конституции Б.Н.С.Р. нижеследующие изменения:
…
ж) изменить вид флага БНСР, уничтожив зеленое полотнище и оставив только красное с изображением посредине государственного Герба Б.Н.С.Р."
Центральный Государственный архив Республики Узбекистан, ф.Р-47, оп.1, д.186, л.26 (оборот).
Согласно описанию в статье 78 Конституции БНСР
"Государственный герб Б.Н.С.Р. состоит из изображения на красном фоне зеленого снопа джугары с воткнутым в него золотым серпом. В верхней части герба над снопом помещается серп полумесяца, внутри которого находится золотая пятиконечная звезда. Сноп окружен надписью: "Бухарская Народная Советская Республика".
Центральный Государственный архив Республики Узбекистан, ф.Р-47, оп.1, д.1, л.248
19 сентября 1924 года 5-ый Всебухарский курултай Советов принял решение о переименовании Бухарской НСР в Бухарскую Социалистическую Советскую Республику и проведении национально-государственного размежевания.
27 октября 1924 года вторая сессия Центрального Исполнительного Комитета (ЦИК) Союза ССР своим постановлением «О национально-территориальном размежевании Средней Азии по принципу самоопределения национальностей» утвердила национально-государственное размежевание и создание новых ССР, автономной ССР и автономных областей (Узбекской ССР с Таджикской АССР, Туркменской ССР, Кара-Киргизской и Кара-Калпакской автономных областей в составе РСФСР; Сырдарьинская и Семиреченская области были переданы в автономную Киргизскую ССР в составе РСФСР). Бухарская ССР была упразднена, её территория включена в состав Узбекской ССР, Туркменской ССР и Таджикской АССР (с 1929 года – Таджикской ССР).
Командование Туркестанского фронта передало в распоряжение правительства БНСР несколько вониских частей, на базе которых создана Бухарская Красная Армия (БКА), В 1922 году создан революционный Военный совет республики. Армия состояла из 1 стрелкового, 1 кавалерийского полков, учебной артбатареи, роты связистов.
Приводим фото Комсостава БКА и Туркфронта, где видно знамя армии. Источник - статья А.Степанова "Бухарская Красная Армия 1922-1924"//. Цейхгауз №2.